Sự va chạm giữa dị nhân và người thường được so sánh với những va chạm của các thành phần thiểu số trong nước Mỹ, như người Do Thái, người Mỹ gốc Phi, đảng Cộng sản,... Ở mức độ đặc biệt, một số dị nhân còn mang những năng lực mang tính ẩn dụ về những người không hòa nhập vào cộng đồng. Các dị nhân bị ghét bỏ, sợ hãi và khinh miệt chỉ vì vì một lý do duy nhất: họ là dị nhân. Vì vậy loạt truyện X-Men, dù có chấp nhận hay không, là một truyện nói về sự phân biệt chủng tộc, sự mù quáng và thành kiến.

• Phân biệt chủng tộc: Professor X được so sánh với người dẫn đầu phong trào đòi quyền bình đẳng cho người Mỹ gốc Phi, Martin Luther King Jr. và Magneto được so sánh với những chiến sĩ Malcolm X. Mục tiêu của các dị nhân đôi khi được đề cập là nhằm hoàn thành "mơ ước của Xavier", có thể ám chỉ đến bài diễn thuyết nổi tiếng lịch sử của King "I Have a Dream" (Tôi có một giấc mơ). Magneto, trong bộ phim đầu tiên, đã dẫn giải một câu nói của Malcom X "Bằng bất cứ giá nào". Truyện tranh X-Men thường phác họa những người đột biến là nạn nhân của bạo lực quần chúng (mob violence), gợi lên hình ảnh những cuộc hành hình người Mỹ gốc Phi vào thời điểm trước cuộc vận động vì quyền công dân Mỹ (American Civil Rights Movement (1955-1968)). Những người máy Sentinel làm người ta liên tưởng đến những lực lượng đàn áp như hội kín KKK, một hình thức phủ nhận quyền bình đẳng và phục thiện. Trong thập niên 1980, loạt truyện đã giới thiệu một đảo quốc hư cấu ngoài khơi châu Phi, nơi các dị nhân bị cách ly và nô dịch bởi một chính phủ phân biệt chủng tộc. Diễn giải rộng ra thì đó là sự ám chỉ tình trạng của Nam Phi lúc bấy giờ.
• Đa dạng hóa: Những nhân vật xuất hiện trong X-Men đến từ nhiều quốc gia khác nhau. Họ đại diện cho tôn giáo, chủng tộc và một thiểu số về giới tính. Gốc Do Thái có Shadowcat và Sabra, Dust là một người tôn sùng đạo Hồi. Nightcrawler theo Công giáo và Thunderbird III là một tín đồ Hindu. Karma, thành viên cốt cán của nhóm New Mutants, được khắc họa là một người sùng đạo Công giáo và xưng tội đều đặn. Ngoài ra còn có Wolfsbane (thành viên giáo hội Scotland), Danielle Moonstar (thổ dân Cheyenne nước Mỹ), Cannonball (Baptist) và Magma (theo tôn giáo La Mã cổ đại).
• Đồng tính: Một sự ẩn dụ khác của X-Men là quyền của người đồng tính. Sự so sánh hai bên thể hiện ở việc các dị nhân phải che giấu năng lực của họ và lứa tuổi mà họ khám phá thấy điều đó. Có thể minh họa bằng một cảnh trong bộ phim X2: Liên minh dị nhân, được đạo diễn bởi Bryan Singer, một người chủ trương công khai tình trạng đồng tính, khi Bobby Drake hé lộ cho cha mẹ thấy mình là một dị nhân. Mẹ Bobby đã hỏi "Con có từng thử không làm một dị nhân chưa?" Ngoài ra, trong tập phim đầu tiên có đoạn Thượng nghị sĩ Robert Kelly được hỏi có nên cho phép các dị nhân dạy dỗ trẻ em trong trường hay không, phản ánh cuộc tranh luận ở khu vực 28 mà Sir Ian McKellen (người đóng vai Magneto trong phim) có dính líu. Những nhân vật đồng tính và lưỡng tính có thể kể đến như Northstar, Karma, Rictor, Shatterstar các học viên nhỏ tuổi là Alone,Graymalkin,Bling! và những kẻ đối lập với X-Men một thời gian dài như Destiny và Mystique. Trong Uncanny X-men, đạo luật X - quy định việc kiểm soát sinh sản của mutant, có thể lấy ý tưởng từ đạo luật 8 - ngăn cấm hôn nhân đồng giới ở tiểu bang CA, 1 sự kiện tranh cãi diễn ra vào nửa năm trước khi đạo luật X xuất hiện trong truyện. Cùng thời gian này, Rictor và Shatterstar hôn nhau trong X-Factor và trở thành cặp đồng tính đầu tiên biểu lộ rõ mối quan hệ thân mật trên truyện Marvel. Một nhân vật mutant khác là Wiccan của Young Avengers cũng là người đồng tính và cùng với bạn trai của mình, Hulking, là cặp đồng tính nam đầu tiên công khai quan hệ trong chiều không gian chính của Marvel. Trong chiều không gian Ultimate thì có cặp Colossus và Northstar, cũng công khai quan hệ. Trong bộ phim X-Men: First Class, khi bị cấp trên phát hiện mình là mutant, Beast trả lời: "Ông không hỏi, tôi không nói.", ám chỉ đến tranh cãi xung quanh chính sách Không hỏi, không nói của quân đội Hoa Kỳ. Trong cùng bộ phim này, Mystique cũng dõng dạc tuyên bố: "Mutant and Proud" sau quá trình cô ta tìm thấy sự chấp nhận chính bản thân mình, gần tương tự như thuật ngữ Gay Pride của cộng đồng LBGT.
• AIDS: Tập truyện đề cập đến căn bệnh AIDS suốt đầu thập niên 1990 với những tình tiết kéo dài về Legacy Virus, một căn bệnh hầu như vô phương cứu chữa nhắm vào các dị nhân. Tình tiết này cũng xuất hiện trong phim hoạt hình X-Men đầu những năm 1990.
• Nỗi sợ Đỏ: Thỉnh thoảng có thể thấy sự thể hiện ngầm của cái gọi là Nỗi sợ Đỏ. Đề xuất của Thượng nghị sĩ Robert Kelly về một "Đạo luật Đăng ký người đột biến" (Registration Acts) tương tự như nỗ lực của Quốc hội Mỹ để cấm hoàn toàn chủ nghĩa cộng sản. Trong bộ phim X-Men năm 2000, Kelly đã gào lên "chúng ta cần phải biết các dị nhân là ai và họ đang làm gì", thậm chí còn tung ra một "danh sách" những dị nhân đã được biết (ám chỉ bản danh sách các thành viên Đảng Cộng sản Hoa Kỳ của Thượng nghị sĩ Joseph McCarthy).
• Bài xích Do Thái: Một sự ám chỉ rõ ràng trong những thập niên gần đây, đó là sự so sánh việc chống dị nhân với chống Do Thái. Magneto, một người sống sót sau thảm họa diệt chủng của Đức quốc xã, đã nhận thấy tình trạng của người đột biến chẳng khác gì những người Do Thái trong các trại tập trung. Thậm chí có lúc ông ta còn phát biểu "never again" (không bao giờ lặp lại) trong phim hoạt hình X-Men vào năm 1992. Trong truyện tranh, Magneto thường tím cách xây dựng một "xứ sở cho những người đột biến", tương tự như sự thành lập Israel hiện tại. Những trại nô lệ dị nhân trên đảo Genosha, nơi đóng dấu hiệu lên trán của họ, giống y như những gì diễn ra ở trại tập trung của Đức quốc xã, những trại giam trong sự kiện Days of Future Past (Ngày quá khứ của tương lai) cũng vậy. Một dấu hiệu ám chỉ khác là trong tập phim X-Men thứ ba, khi được Spike hỏi: "Nếu ông là người đột biến, vậy dấu ấn của ông đâu?" Magneto đã trưng ra dấu khắc trong trại tập trung, và nói rằng bất cứ ai cũng đừng hòng chạm vào da của ông ta được nữa.
• Bài xích Thiên Chúa giáo: Trong các tập truyện X-Books (truyện ăn theo X-Men) có một mối liên hệ ẩn dụ giữa sự bài xích Thiên Chúa giáo và sự vu khống X-Men, làm cho họ bị xa lánh. Giống như Thiên Chúa giáo, bị hồ nghi và ghê sợ trong những năm đầu lịch sử nước Mỹ bởi lòng trung thành với Giáo hoàng nước ngoài, các dị nhân cũng bị nghi ngờ liệu họ có vừa chấp hành luật pháp như những công dân bình thường vừa trung thành với "động cơ của dị nhân" (mutant cause) hay không. Một số thành viên X-Men theo đạo Thiên Chúa có thể kể đến Nightcrawler, Havok, Gambit, Siryn, Banshee, Sunspot, Skin và Karma.
• Một nền văn hóa thu nhỏ: Trong một số trường hợp, đặc biệt trong những câu chuyện của tác giả Grant Morrison đầu thập niên 2000, các dị nhân được khắc họa như một nền văn hóa thu nhỏ đặc trưng, với những "băng nhóm người đột biến" và những nhà thiết kế thời trang tạo ra các trang bị phù hợp với năng lực của từng dị nhân. Trong loạt truyện Distinct X, trong lòng Thành phố New York tồn tại một nơi gọi là "thành phố người đột biến". Những sự thể hiện này giống như cách mà các thành phần thiểu số tự xây dựng nền văn hóa cho riêng mình, tách biệt họ với nền văn hóa chung bao la. Đạo diễn Bryan Singer đã bình luận rằng thương hiệu X-Men có tính ẩn dụ với việc chấp nhận mọi cá thể bất chấp những năng khiếu đặc biệt và độc nhất của họ. Tình trạng giấu mình của người đột biến cũng tương tự như cảm giác xa cách và e sợ của con người suốt trong quá trình phát triển thời niên thiếu.
• Cá tính: Trong một số nhân vật, những nội dung ẩn dụ được trình bày theo hướng cá nhân hơn là chính trị. Thí dụ Cyclops luôn luôn phải mang một loại mắt kính đặc biệt để kiểm soát năng lực của mình, dẫn đến một cảm giác bị ức chế tình cảm ngày càng tăng; Rogue, với những năng lực khiến cô phải tránh mọi tiếp xúc trực tiếp với người khác, luôn có cảm giác cô đơn khủng khiếp; và thiên tài khoa học Beast, người có bề ngoài lông lá như cầm thú, luôn phải đấu tranh với nhận thức rằng anh là một sinh vật quái dị. Theo đó, tác động xa lánh khỏi tinh thần và niềm hạnh phúc của người thường luôn được bộc lộ trong loạt truyện.